۳-۱-۴- محیط های باکتریولوژیک:
Muller Hinton Agar
Trypticase Soy Agar (TSA)
Trypticase Soy Broth (TSB)
Eosin Methylen Blue (EMB)
Triple Sugar iron Agar (TSI)
Simon citrate Agar
Sulfide Indol Motility (SIM)
Macconkey Agar (MC)
Nutrient Agar
Nutrient broth+%5Agar
MR- VP
Blood Agar base
Urea Agar (UA)
Luria bertani broth
Luria bertani Agar (LBA)
۳-۱-۵-آنتی بیوتیک ها:
Cefotaxime
Tetracycline
Ciprofloxacin
Nalidixic acid
Ampicillin
Amoxicillin
Ceftazidime
Clyndamycin
Gentamicin
Chloramphenico
Nitrofurantoin
Kanamycin
۳-۱-۶-مارکرها:
DNA ladder 100bp
لودینگ بافر
۳-۱-۷-سویه های استاندارد:

1. 1. coli ATCC 25922

1. 1. aureus ATCC25923

1. 1. aureus MRSA

۳-۲- نمونه گیری وکشت ونگهداری:
درطول مدت ۹ماه تعداد۱۵۰نمونه ادرار که کشت آن­ها مثبت شده بود از آزمایشگاه­ها وبیمارستان­های سطح استان جمع آوری وسریعا این نمونه­ها به آزمایشگاه میکروب­شناسی دانشگاه ایلام در شرایط استریل انتقال و مورد آزمایشات تشخیصی قرار گرفتند. پس از ارسال نمونه‌ها به آزمایشگاه اطلاعات مربوط به نمونه شامل جنسیت بیمار، سن، نوع نمونه بالینی، تاریخ نمونه گیری در فرم تهیه ثبت گردید.
۳-۳-آزمایشات بیوشیمیایی:
آزمایشات شامل رنگ آمیزی گرم ، کاتالاز، اکسیداز، IMVIC و…بود. برای مشاهده کلنی تک باکتری از نوترینت براث حاوی ۵ درصد آگار استفاده شد.در مرحله بعد گسترش‌هایی از کشت‌های جوان باکتری تهیه شده و جهت مطالعه شکل باکتری (کوکسی، میله‌ای، اندوسپور و…) و تعیین نوع گرم (+ یا – بودن) با روش گرم رنگ‌آمیزی شدند. در این روش با بهره گرفتن از گرما گسترش تثبیت شده و سپس با بهره گرفتن از رنگ‌های تجاری رنگ‌آمیزی انجام گرفت: کریستال ویوله (۱ دقیقه)، شستشو با آب، ید (۱ دقیقه)، شستشو، استون الکل (چند ثانیه)، سافرانین (۳۰ ثانیه)، شستشو و سپس خشک شدن ومشاهده زیر میکروسکوپ. برای شناسایی کوکسی های گرم مثبت ابتدا آزمایش کاتالاز انجام شد.

در تست کاتالاز از کلنی‌های تازه باکتری‌ها استفاده شد. به این ترتیب که یک قطره از محلول ۳ درصد آب اکسیژنه بر روی یک لام تمیز گذاشته و یک کلنی از باکتری در آن مخلوط شد. در صورت تشکیل حباب باکتری دارای آنزیم کاتالاز بوده و کاتالاز مثبت تشخیص داده شد. کاتالاز تولید شده توسط باکتری باعث آزاد شدن اکسیژن از آب اکسیژنه می‌گردد [۶۲].
در صورت منفی بودن نتیجه آزمایش برای شناسایی استرپتوکوکوس پیوژن از حساسیت به دیسک باسیتراسین و برای شناسایی انتروکوکوس از مقاومت باکتری در دمای ۶۰ درجه سانتیگراد به مدت ۳۰ دقیقه ومقاومت به نمک طعام ۵/۶ درصد استفاده گردید. در صورت مثبت بودن آزمایش کاتالاز برای شناسایی استافیلوکوکوس کواگولاز مثبت ازآزمایش کواگولاز استفاده گردید. برای شناسایی باسیل های گرم منفی از محیط‌های TSI Agar، SIM، سیمون سیترات آگار و اوره آگار استفاده شد.
ابتدا از کلونی باکتری مورد نظر در محیط کشت مولر هینتون آگار ایزولاسیون انجام گرفت تا کلونی تک بدست آید. پس از یک شبانه روز گرمخانه گذاری، از کلونی­های تک بدست آمده برداشت کرده و با بهره گرفتن از دیسک اکسیداز ( تترا متیل پارا فنیلن دی آمین هیدروکلراید) که در آزمایشگاه موجود بود، کلونی از نظر تست اکسیداز مورد بررسی قرار گرفت. ( به عنوان کنترل مثبت از باکتری پسودوموناس آئروژینوزا استفاده شد) [۶۲]. چنانچه تست اکسیداز در این مرحله مثبت می گردید، باکتری از جنس انتروباکتریاسه خارج می­شد، اما نتیجه منفی تست اکسیداز مانع ادامه روند تشخیص باکتری نمی گردید. پس از آن، باکتری های اکسیداز منفی، به داخل محیط های مک­کانکی تلقیح شدند و پس از یک شب گرم خانه­گذاری در ۳۷ درجه سانتی ­گراد، بر روی نمونه های لاکتوز مثبت (کلونی های صورتی در محیط مک­کانکی آگار) تست­های زیر اجرا گردید.
از کلونی باکتری­ های لاکتوز مثبت برداشته و بر روی محیط­های TSI و لیزین دکربوکسیلاز، سیمون سیترات، محیط فنیل­آلانین، MR-VP و SIM تلقیح شدند. در صورتی که واکنش در محیط TSI به صورت اسید/ اسید(A/A) و تست IMVIC از چپ به راست به ترتیب به صورت + + - - و تست اوره­آز مثبت و تست حرکت منفی بود، آنگاه این باکتری تحت عنوان کلبسیلا پنومونیه تأیید می­شد [۶۲]. در صورتی که واکنش در محیط TSI به صورت اسید/ اسید(A/A) و تست IMVIC از چپ به راست به ترتیب به صورت - - + + و تست اوره­آز منفی و تست حرکت مثبت بود، آنگاه این باکتری تحت عنوان اشرشیا کلی تایید می­شد.
تشخیص انتروباکتر وسیتروباکتر: این باکتری بسیار متحرک بوده  و بی هوازی اختیاری است. روی محیط­های معمولی رشد می کند گلوکز و لاکتوز راتخمیر می کند - متیل رد منفی - VPمثبت - سیترات ومالونات مثبت وS H₂منفی است . سیتروباکترگاهی جلای فلزی داده ودربرخی گونه ها S H₂ مثبت است.
تشخیص انتروکوکوس: بی هوازی اختیاری هستند و اسپور تولید نمی‌کنند. آن‌ها گستره بزرگی از شرایط محیطی را تحمل می‌نمایند: دمای ۱۰ تا ۴۰ درجه سانتی گراد، pH از ۴ تا ۱۰ و غلظت‌های بالای کلرید سدیم. انتروکوکوس‌ها بر روی آگار خوندار گوسفندی، همولیز گاما ایجاد می‌کنند. هیدرولیز اسکولین مثبت وهیدرولیز نشاسته منفی هستند. مقاوم به صفرا ودیسک اپتوچین و PYRمثبت هستند. هرچندکه انتروکوکوس هاکاتالاز منفی هستند تعدادی از گونه ها کاتالازمثبت هستند [۶۲].