نظارت فدرال امنیت اتمی و تشعشعی روسیه بشدت علیه صادرات فن‌آوریهای اتمی به ایران اظهار نظر کرد؛ نظر مربوطه به یلتسین رئیس جمهور روسیه ارائه شد. به گفته ویشنفسکی رئیس این نهاد، ”ایران کشور فقیری است، بدهی خارجی آن ۳۳ میلیارد دلار می‌باشد و معلوم نیست روسیه چه منفعتی خواهد داشت“. به عقیده وی، ایران به دشواری ظرف سالهای آینده توانایی پرداخت هزینه عملیات تعیین شده در قرارداد ساخت نیروگاه را دارد که مجموعاً به ۸۰۰ میلیون دلار بالغ می‌شود. (پیشین)
نمایندگان کمیسیون بین نهادی امنیت اکولوژیک شورای امنیت روسیه نیز علیه همکاری اتمی با ایران اظهار نظر کردند. به نظر منشیکوف کارمند این کمیسیون، وزارت انرژی اتمی روسیه ”با کمک به ایران برای ساخت نیروگاه اتمی مرتکب اشتباه می‌شود“. منشیکوف خاطر نشان کرد کارشناسان ایرانی می‌توانند در نیروگاه بوشهر پلوتونیوم بدست آورند که برای تولید بمب اتمی بکار گرفته خواهد شد. وی اعلام کرد ”اشاره به رعایت پیمان عدم اشاعه تسلیحات اتمی از طرف ایران و کنترل و نظارت آژانس بین المللی انرژی اتمی نباید کسی را آسوده خاطر کند. اگر ایران نخواهد مطابق با مقررات رفتار کند، پس در نزدیکی مرزهای روسیه یک قدرت اتمی ظهور خواهد کرد“. به گفته یابلوکوف نماینده دیگر این نهاد، ”ترویج اطلاعات تکنولوژیک مربوط به روندهای اتمی بین کارشناسان ایرانی و سر و کار داشتن آنها با مواد شکاف یابنده بخودی خود برای ایران پیشرفت ملموس در زمینه تولید سلاح اتمی خواهد بود“.(پیشین)

کوزیرف وزیر(غربگرای) امور خارجه روسیه حین بررسی معامله روسیه و ایران در نشست کمیته امور بین الملل دومای کشوری در ماه می ۱۹۹۵ اعلام کرد: وزارت امور خارجه در مورد صادرات فن‌آوریهای اتمی به ایران ”برداشت (منفی) خود“ را دارد و ”وزیر اتمی“ تنها نقطه نظر خود را بیان می‌کند. (پیشین)
کارشناسان دولتی روس تحلیل کننده اوضاع ایران و تأیید کننده ساخت نیروگاه بوشهر بشدت علیه صدور سانتریفیوژهای گازی اظهار نظر ‌کردند. نهایتا دولت روسیه تصمیم بلاقید و شرطی در مورد ختم مسئله سانتریفیوژ و عدم مذاکره با طرف ایرانی در این مورد اتخاذ کرد. لازم بذکر است این موضوع از سوی دولت آمریکا با دولت روسیه نیز مطرح شده و خواستار لغو توافق بعمل آمده بودند که نهایتاً تصمیم مربوطه به وزارت امور خارجه ایالات متحده اطلاع داده شد.
علاوه بر این، وزارتخانه‌های مختلف اغلب اوقات در مورد توسعه همکاری نظامی- فنی و دیگر انواع همکاری با ایران موضع تماماً متضاد با یکدیگر داشتند. برای مثال در دسامبر ۱۹۹۶ در جریان دیدار یوگنی پریماکوف نخست وزیر روسیه از ایران که در جریان آن موافقتنامه همکاری در زمینه کنترل صادراتی تأیید کننده پایبندی روسیه و ایران به موازین بین المللی کنترل صادرات فن‌آوریهای نظامی پاراف شد، رودیونوف وزیر دفاع وقت روسیه اظهار نگرانی کرد که ایران خطر بالقوه نظامی برای روسیه می‌باشد. اینگونه اظهارات و اقدامات هماهنگ نشده سیاستمداران روس، توسعه روابط با ایران را بطور جدی بغرنج می‌کرد. (پیشین)
از دیگر موارد، مسئله صدور راکتور پژوهشی به ایران (در قالب توافقنامه ۱۹۹۲) بود که طی چند سال در وزارت انرژی اتمی روسیه در دست بررسی بود. به گفته یوگنی آداموف وزیر انرژی اتمی روسیه، در آوریل ۱۹۹۸ پیش نویس قرارداد آماده بود، لکن دولت روسیه اجازه معامله را نداد. (پیشین)
در همین رابطه، ”مرکز علمی فنی میکروتکنولوژی“ (ان.ت.تس ام.ای.ت) که از لحاظ ساختاری وابسته به مؤسسه دولتی ”انستیتوی علمی پژوهشی دستگاه های الکتروفیزیکی یفرموف“ ‌(گ.پ. ان.ای.ای.ا.اف.ا) است، قراردادهایی در مورد صادرات تجهیزات لیزری به آزمایشگاه دانشگاه تهران در سال ۲۰۰۰ منعقد کرد. به گفته کارشناسان انستیتو، دستگاههایی که در نظر بود به ایران صادر شود برای جدا کردن ایزوتوپهای سنگین قابل کاربرد نیست. این واقعیتی روشن است که تجهیزات لیزری با این توان، در فهرست کنترل گروه صادر کنندگان اتمی قرار ندارد، اما دولت روسیه در زمان اجرای قرارداد، ارسال آن را در رابطه با نقض مقررات صادرات فن‌آوریهای دو منظوره، ممنوع کرد. (پیشین)
۲- علت دیگر، ضرورت مطالعه دقیق برنامه های اتمی ایران توسط سرویس‌های ویژه (امنیتی) روسیه بود. قبل از توافق با امضای قرارداد ساخت نیروگاه، نهادهای مسئول روسیه پیشنهاد ایران را از نقطه نظرات مختلف و منجمله با در نظر گرفتن چشم انداز تولید سلاح اتمی ایران بررسی کردند. تصمیم نهایی در مورد همکاری با تهران پس از آن اتخاذ شد که سرویس‌های ویژه روسیه اعلام کردند نشانه‌ای از وجود برنامه نظامی اتمی در ایران بدست نیامده است. البته همزمان در گزارش سرویس اطلاعات خارجی که در ژانویه ۱۹۹۳ منتشر شد به این اشاره شده بود که ”در ایران برنامه تحقیقات نظامی - کاربردی در زمینه اتمی موجود است“. در همان سال روسیه با پیشنهاد مطالعه مشترک برنامه های اتمی ایران به ایالات متحده مراجعه کرد ولی واشنگتن این پیشنهاد را رد کرد. بعدها کارمند مسئول وزارت انرژی اتمی روسیه اعلام کرد: ”از نقطه نظر راهبردی ، ایران نزدیک‌ترین همسایه روسیه می‌باشد و برای ما خیلی مهم است بدانیم که برنامه اتمی ایران در چه وضعیتی است ، تنها راه این امر اجرای پروژه‌های مشترک با آنها است“. (پیشین)
این معضل در دوران حکومت یلتسین همچنان باقی بود. پس از بقدرت رسیدن ولادیمیر پوتین در روسیه ، از اوایل سال ۲۰۰۰ تلاش برای ایجاد ساختاری واحد و یکپارچه در درون تشکیلات دولت به منظور اتخاذ تصمیمات معین و یکسان در رابطه با مسائل داخلی و خارجی آغاز شد علاوه بر آنکه فصل جدیدی در روابط دو کشور رقم خورد. در این چارچوب دولت فدراسیون روسیه در تاریخ ۲۴/۷/۲۰۰۲ مصوبه شماره ۵۵۶ را در باره انعقاد برنامه بلند مدت توسعه تجارت و همکاریهای اقتصادی، صنعتی و علمی- فنی بین فدراسیون روسیه و جمهوری اسلامی ایران برای دوره ده ساله (تا سال ۲۰۱۲) را تصویب نمود. این مصوبه از سوی وزارت توسعه اقتصادی و بازرگانی روسیه به دولت ارائه و از حمایت وزارت امور خارجه برخوردار و بر هماهنگی دیگر سازمانهای اجرایی روسیه برای حمایت از همکاری با طرف ایرانی و امضاء قراردادهای مربوطه تأکید شده بود. این مصوبه مشتمل بر ۱۰ ماده به امضاء کاسیانوف نخست وزیر روسیه رسیده بود. (خبرگزاری ریانووستی، ۲۴/۷/۲۰۰۲) در ضمیمه الحاقیه، فهرست زمینه‌های اصلی همکاری بین سازمانهای روسیه و ایران آورده شده بود. بر آن اساس، همکاری در زمینه‌های ذیل پیش بینی شده بود:
۱- مجتمع سوخت و انرژی (شامل صنایع نفت و گاز ۲۳ مورد، انرژی برق ۶ مورد، انرژی اتمی ۵ مورد )
۲- صنایع ( شامل فلزات آهنی و غیرآهنی ۱۸ مورد، پتروشیمی و شیمی ۴ مورد، هواپیما سازی ۴ مورد، صنایع ذغال سنگ ۱ مورد )
۳- امور بانکی ۲ مورد
۴- حمل و نقل ۸ مورد
۵- نقشه برداری با بهره گرفتن از داده های عکسهای فضایی ۲ مورد
یکی از نکات مهم این مصوبه ، همکاریهای پیش بینی شده در زمینه انرژی اتمی (در حوزه سوخت و انرژی) بشرح ذیل می باشد:
۱- احداث نیروگاه اتمی بوشهر ۱
۲- احداث نیروگاه اتمی بوشهر ۲
۳- تنظیم برنامه همکاری بلند مدت در زمینه استفاده صلح جویانه از انرژی اتمی
۴- احداث نیروگاه اتمی جدید ( ۲ واحد ۱۰۰۰ مگاواتی ) در محدوده بوشهر
۵- احداث نیروگاه اتمی جدید ( ۲ واحد ۱۰۰۰ مگاواتی ) در محدوده اهواز
همچنین همکاری مورد اشاره در بند ۲۳ صنایع نفت و گاز بدین شرح بوده است:
نقشه برداری اختصاصی برای مقاصد احداث خط لوله در صنایع نفت و گاز و نقشه‌برداری مقیاس بزرگ مخصوص مهندسی- زمین شناسی و زلزله شناسی منطقه پیش بینی شده برای احداث مرحله دوم نیروگاه اتمی بوشهر.
این مصوبه طی اطلاعیه مطبوعاتی دولت فدراسیون روسیه در مورخ ۲۶/۷/۲۰۰۲ اعلام گردید. (پیشین)
هر چند اجراء این پیشنهادات با مشکلات خاص خود همراه بوده و از اعلام تا تحقق آن فاصله زیادی وجود دارد لکن از لحاظ ارائه نظر و شناخت منویات طرف روس دارای اهمیت می‌باشد بخصوص که از بابت تمایل، خواست و هماهنگی بخش های مختلف دستگاه حکومتی روسیه قابل توجه است. هر چند که طرف مقابل (ایران) به این پیشنهادات واکنش مناسبی بروز نداد.
۳- دولت روسیه پیگیر اهداف عمده ای در سیاست داخلی و خارجی خود می باشد که یکی از آنها ، ادغام دراقتصاد جهانی از طریق الحاق به سازمان تجارت جهانی است و این میسر نمی‌شود مگر در همکاری با کشورهای غربی و بخصوص تأمین نظر دولت آمریکا.
واقعیت زمانی اواخر سال ۱۹۹۴ و اوایل ۱۹۹۵ دوباره در دوران زمامداری پوتین نیز تکرار شد: آمریکا، توسعه همکاری با روسیه در زمینه‌های تکنولوژیک و همچنین عضویت روسیه در سازمانهای بین المللی مانند سازمان تجارت جهانی را با خودداری آن کشور از مشارکت با ایران در زمینه فن‌آوریهای اتمی و همکاری نظامی فنی با آن مشروط می‌نمود.
روسیه که پس از فروپاشی شوروی در صحنه بین المللی به عنوان یک قدرت درجه ۲ شناخته می شود و با اذعان به این نکته که میدان عمل و توانایی محدود به خود را دارد برای دستیابی به جایگاه مناسب گذشته خود ، مجبور به اتخاذ سیاستی کژدار و مریز در دوره های زمانی مختلف و بر اساس فشارهای بین المللی است. لذا امکان اتخاذ تصمیمات صریح در سطح بین المللی از جمله حمایت بی چون و چرا از فعالیتهای هسته ای جمهوری اسلامی ایران را ندارد. اگر قدرت روسیه همانند و هم سنگ قدرت آمریکا بود شاید که نه بلکه حتما به مانند ادبیات آمریکایی ها با زبان زور و قلدرمآبانه صحبت می کرد همانگونکه در دوران اتحاد جماهیری شوروی چنین بود. لذا نحوه همکاری روسیه در برنامه مسالمت آمیز اتمی ایران و مواضع آن کشور در شورای حکام آژانس بین المللی انرژی اتمی و شورای امنیت سازمان ملل نیز از این قاعده مستثنی نمی باشد و باید در اتخاذ مواضع آنان مطمح نظر قرار گیرد.
۳-۳-۲) خلاء قراردادهای اساسی ومحدودیت مناسبات و نقصان در توافقات دو کشور:
عدم وجود اسناد بین دولتین در مورد تنظیم روابط بین دو کشور مشکل دیگر مناسبات رو به گسترش ایران و روسیه بود. این نقیصه نیز در طول سالهای بعدی تا حدودی مرتفع گردید و برخی از قراردادهای لازم به امضاء مقامات دو کشور رسید.
۱- موافقتنامه همکاری بلندمدت اقتصادی فیمابین در دسامبر ۱۹۹۵ پاراف شد ولی در تاریخ ۱۴ آوریل ۱۹۹۷ امضاء گشت.
تهران با توجه به سیاست مستقل و نیز محدودیت‌های اعمال شده در مورد توسعه روابط با کشورهای غربی، مایل بود در اغلب زمینه ها با روسیه دارای فن‌آوریها و ذخایر قابل قبول، همکاری نماید. لکن در نتیجه مسائل و موانع ناشی از خلاءهای قانونی، این امر محقق نگردید. تمام این مسائل بر همکاری دو کشور در زمینه انرژی اتمی بیش از دیگر زمینه‌ها تأثیر گذاشت. ضمن آنکه حجم بازرگانی بین دو کشور در دهه ۱۹۹۰ ناچیز بود. به آمار مربوطه توجه نمایید. (خلوپکوف، آنتون، ۲۰۰۱)
ارزش مبادلات بازرگانی ایران و روسیه بدون در نظر گرفتن صادرات ویژه بین سالهای ۲۰۰۱-۱۹۹۵:
- سال ۱۹۹۵ ………………………………… حدود ۲۰۰ میلیون دلار
- سال ۱۹۹۶ ………………………………… حدود ۴۰۰ میلیون دلار
- سال ۱۹۹۷ ………………………………… حدود ۵۵۰ میلیون دلار
- سال ۱۹۹۸ ………………………………… حدود ۵۵۰ میلیون دلار
- سال ۱۹۹۹ ………………………………… کمتر از ۵۰۰ میلیون دلار
- سال ۲۰۰۰ ………………………………… بیش از ۶۰۰ میلیون دلار
- سال ۲۰۰۱ ………………………………… بیش از ۹۰۰ میلیون دلار
اما این مبادلات طی سالهای بعد به گسترش بوده است. در گزارش شورای روابط خارجی آمریکا در بررسی از روابط ایران و روسیه ، میزان تجارت دو جانبه دو کشور در سال ۲۰۰۵ ، ۲ میلیارد دلار تخمین زده شده است و اکنون روس‌ها بخش اعظم تسلیحات مورد نیاز ایران را تأمین می‌کنند. در این میان سیستم دفاع هوائی که روسیه در اختیار ایران قرار داد توجه آمریکا را بیش از هر معامله دیگری به خود جلب کرده است. (سایت خبری آفتاب، ۱۲/۸/۱۳۸۵)
در این راستا قابلیت مالی محدود ایران نیز نمی‌توانست بر ماهیت روابط دو کشور تأثیر نگذارد. جنگ هشت ساله ایران و عراق به اندازه ملموسی بنیه اقتصادی کشور را ضایع کرده بود، علاوه بر این قیمت نفت در اوایل دهه ۱۹۹۰ بطور محسوسی کاهش یافته بود که این موضوع بر درآمدهای ارزی ایران و نیز اجراء توافقات دو کشور تاثیر زیادی داشت.
۲- ایگور سرگه یف نخستین وزیر دفاع روسیه بود که در زمستان ۱۳۷۹ از ایران دیدن کرد. حضور او درتهران نشانه‌ای از عزم روسیه برای پیگیری سیاست خارجی - دفاعی مستقل در برابر آمریکا و اروپا برآورد شد. او ایران را شریکی قابل اعتماد برای روسیه دانست که همکاری های فنی و نظامی با آن باید گسترش پیدا کند. او (با حضور خود) در تهران رسماً لغو توافق گور- چرنومیردین (معاون رئیس جمهوری سابق آمریکا و نخست وزیر پیشین روسیه) را اعلام کرد که طبق آن، روسیه محدودیت در ارسال سلاح های نظامی پیشرفته به ایران را مورد موافقت قرار داده بود. (کولایی، الهه، ۱۳۸۵) لذا تا آن زمان و بر پایه توافق گور- چرنومردین محدودیت هایی بر روابط دو کشور سایه افکنده بود. تصمیم دولت روسیه برای رفع محدودیتهای مذکور (و لغو توافق مذکور که قبلا توسط وزیر خارجه روسیه بطور رسمی اعلام شده بود)، موجبات گسترش روابط تجاری فیمابین را باعث گردید.
۳- در ماه مارس ۱۹۹۳ سند سیاسی درباره اساس مناسبات و اصول همکاری و حسن همجواری بین روسیه و ایران پاراف شد، لکن خود قرارداد اساس مناسبات و اصول همکاری بین روسیه و ایران در تاریخ ۱۲ مارس ۲۰۰۱ در جریان سفر آقای خاتمی رئیس جمهور اسلامی ایران به روسیه که بدعوت پوتین همتای روس وی صورت گرفت امضاء شد. قراردادی که مبنای توسعه همکاریهای بعدی دو کشور گردید.
۴- همچنین در جریان سفر دریادار شمخالی وزیر دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح جمهوری اسلامی از مسکو دراواخر سپتامبر ۲۰۰۱ ، قرارداد همکاریهای فنی ـ نظامی دو کشور به امضاء وزرای دفاع ایران و روسیه رسید.
۵- ضعف مفاد قرارداد و تغییر در توافقات ساخت نیروگاه بوشهر را می توان از جمله دیگر دلایل بشمار آورد. آقازاده رییس سازمان انرژی اتمی در مورد اطلاع از ضعف پیمانکار روسی، می‌گوید: ما این مسئله را می‌دانستیم اما گزینه دیگری نداشتیم و از سوی دیگر قرارداد هم نوشته بودیم اما به نظر من بهتر بود به جای تکمیل نیروگاه (در حال احداث قبلی) ، نیروگاه جدیدی می‌ساختیم. (خبرگزاری فارس، ۳/۷/۱۳۸۵)
آقازاده همچنین گفت: هر چند که من هنوز نمی‌دانم چرا این تغییر سیاست در کشور به وجود آمد. مذاکراتی که در زمان آقای هاشمی رفسنجانی با روسها انجام شده بود برای احداث دو نیروگاه ۴۴۰ مگاواتی بود اما یک باره این سیاست تغییر می‌کند و تکمیل نیروگاه بوشهر مطرح می‌شود در صورتی که اگر ساخت آن دو نیروگاه جدید را امضاء کرده بودند اکنون هم نیروگاه داشتیم هم این معضلات فعلی را نداشتیم. (خبرگزاری فارس، ۷/۷/۱۳۸۵)
وی در مورد عمل دولت روسیه به تعهداتش گفت: قرارداد ما دولتی است و دولت قادر به پاسخگویی برای اتمام پروژه نیست چون یک پیمانکار دارد. (پیشین)
آقازاده در مورد غرامت تأخیر در قرارداد نیز گفت: چرا (در قرارداد) اشاره شده اما آنقدر نیست که جبران عدم النفع را بکند. (پیشین)
زمان و نحوه تحویل سوخت مصرفی نیروگاه بوشهر و بازگرداندن سوخت مصرف شده به روسیه برای فرآوری مجدد آن و نیز پرداخت هزینه مربوط به انتقال مجدد سوخت به روسیه از جمله تضییقات مشهود حقوق ایران در این پروژه است.